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氨氮以游离氨或铵盐形式存在于水中，两者的组成比取决于水的笔贬值和水温。当笔贬值偏高时，游离氨的比例高。反之，则铵盐的比例高，水温则相反。水中氨氮的来源主要为生活污水中含氮有机物受微生物作用的分解产物，某些工业废水，如焦化废水和合成氨化肥厂废水等，以及农田排水。此外，在无氧环境中，水中存在的亚硝酸盐亦可受微生物作用，还原为氨。在有氧环境中，水中氨亦可转变为亚硝酸盐，甚至继续转变为硝酸盐。测定水中各种形态的氮化合物，有助于评价水体被污染和"自净"状况。鱼类对水中氨氮比较敏感，当氨氮含量高时会导致鱼类死亡。